La UE goza de una naturaleza especial o “sui generis” que se deriva de su propia estructura jurídica, la cual está formada por tres organismos internacionales con personalidad jurídica independiente y propia que buscan un objetivo común, la construcción Europea: CE, CECA y CEEA.
Esta estructura jurídica compleja se refleja a nivel institucional de dos maneras:

• Por un lado cada entidad tiene su independencia funcional, con sus poderes y competencias propias (según sus tratados constitutivos para realizar sus funciones y competencias los tratados les han conferido a las instituciones poder normativo).
• Por otro, comparten el mismo sistema institucional e igual ordenamiento jurídico, poniéndose así de manifiesto, el interés común que las anima y justifica en el proceso de integración económico, configurándolas, por tanto, dentro de una misma variedad orgánica.

Unidad Orgánica

Desde 1958, las tres Comunidades sólo compartían el Parlamento y el Tribunal de Justicia. Esta estructura orgánica se modifica en 8 de Abril de 1965 con la firma del Tratado de Bruselas, que entrará en vigor en 1967 estableciendo la fusión de los ejecutivos, consiguiendo la unidad orgánica al constituir la Comisión y el Consejo como instituciones comunes de la CE, CECA y CEEA.
La UE se va a servir de estas misma instituciones y, por tanto, van a ser comunes aunque las modalidades de funcionamiento sean diferentes. Así, las competencias de la Unión, que son básicamente la PESC y PJI se regirán por las normas de la cooperación, no admitiendo la tarea de decisiones por mayoría, saliéndose pues de la modalidad propia de la CE.
Esta unidad orgánica tiene por tanto un objetivo común: la integración, pero con dos ámbitos diferentes en su comisión, el económico y el político, que de alguna manera van a condicionar las instituciones. Dos nuevos tratados van a dejar huella expresa de la intencionalidad comunitaria:

• Acta Única Europea (17 y 18 de Febrero de 1986, entra en vigor el 1 de Julio de 1987).
• Tratado de la UE (7 de Febrero de 1992, entra en vigor el 1 de Noviembre de 1993).

Los objetivos políticos que no prosperan por la vía federal y democrática se van a materializar en la práctica por la cooperación política a través de reuniones periódicas de los jefes de Estado y de Gobierno, llamadas Conferencias Europeas, en la Cumbre y posteriormente del Consejo Europeo, instituido en París en 1974 y constituido por primera vez en Dublín en 1975 el A.V.E. quien formaliza esta práctica consiguiendo dicha figura como Institución en su título III “Cooperación Política Europea” y en su artículo 2: composición (Jefes de Estado y de Gobierno, Presidente de la Comisión, asistidos por los Ministros de Asuntos Exteriores y un miembro de la Comisión) y periodicidad (2 veces al año como mínimo) del Consejo Europeo.
El Tratado de la UE insiste en este sentido al conferirle el carácter de máximo órgano político de la Unión, concediéndole un estatuto oficial y ratificando la composición que estableció el A.V.E.
El Tratado de la UE al igual que el A.V.E, mejoran el procedimiento institucional de toma de decisiones (poder codecisional) y avanza en el proceso de integración con la UEM y crea una nueva estructura orgánica.
El Tratado de la UE consagra también el Tribunal de Cuentas como verdadera institución, pues antes estaba considerado como simple órgano con el fin de reforzar los principios de transparencia y control de el fondo público.
Este tratado es un paso más en el proceso unificador al establecer que la CEE se denomina CE, la CECA pasará sus atribuciones a la UE en el año 2002, cuando se realizarán importantes modificaciones en el plano institucional al introducir el procedimiento de codecisión del PE y el Consejo en la toma de decisiones. Se prevé la creación del SEBCE, el BCE y el Comité de las Regiones.
La nueva ampliación de la UE hacia los países de la Europa Oriente (PECOS) plantea graves problemas en el ámbito institucional sobre todo en materia de toma de decisiones. Las CIG 96 iniciada en Turín en Junio de 1996 y clausurada en Amsterdam en Junio de 1997 y el Tratado de Amsterdam han pretendido realizar dichas reformas como tema prioritario.

La independencia funcional

Al ser comunidades creadas por Tratados independientes que les confieren poderes y competencias, su funcionamiento es autónomo. Esto no implica que dependiendo de los asuntos que se traten, la UE actúa con mayor o menor grado de supranacionalidad.
Modelo institucional CECA → Mayores dosis de SUPRANACIONALIDAD.
Modelo institucional CE-EURATOM → menores dosis de SUPRANACIONALIDAD.

¿Qué entendemos por Supranacionalidad?

1. Independencia de las Instituciones comunes y de los EM.
2. Carácter vinculante de las normas que emanan de las instituciones para los EM (primacía).
3. Existencia de relaciones directas entre Instituciones y Normas entre ciudadanos.
4. Establecimiento de reglas de votación por mayoría para la toma de decisiones y aprobación de normas frente a la votación por unanimidad. Supranacionalidad decisional.
5. Atribución de competencias por los EM a la entidad supranacional. Las instituciones tienen competencias atribuidas (sólo capacidad normativa) y los EM tienen competencias residuales (tienen plenos poderes de acción).

Nota: El Tratado de Maastricht impone el principio de Subsidiariedad que se basa en que aquellas competencias más cercanas al ciudadano, sea una administración cercana al mismo quién la pueda ejecutar.

La estructura de la UE en el reparto de competencias es:

• Función normativa: pertenece al Consejo de Ministros casi exclusivamente, pero el Parlamento tiene también algunas competencias legislativas.
• Función ejecutiva: pertenece a la Comisión, pero el Consejo de Ministros puede adoptar decisiones ejecutivas directas.
• Función judicial: pertenece al Tribunal de Justicia de la UE.

Características Generales de las Instituciones Comunitarias

• Legitimidad Propia Y Específica: cada uno de los órganos viene recogido expresamente en los Tratados Constitutivos de la UE.
  
  • PE → Intereses de los pueblos de los Estados miembros.
  • CM → Intereses de los Estados miembros en su dimensión y proyección comunitaria.
  • Comisión → Interés genuinamente comunitario.
  • Tribunal de Justicia → Interés de derecho.
  • Tribunal de Cuentas → Interés contable.
• Singular Esquema De Reparto De Poderes: la UE no sigue el esquema clásico de Montesquieu: tres poderes, tres instituciones. La correspondencia es inalcanzable ya que:
  
  • Una misma función es compartida por más de una institución.
  • Existen más instituciones que funciones.
  • Dualidad en el proceso de ejecución de las decisiones y ejecución de normas.
• Competencias Distintas Según Tratados Constitutivos (Cada tratado se rige por sus propias leyes).
• Vértice De Una Compleja Superposición De Estructuras Y Administraciones Nacionales (Aunque la CE tiene competencia en algunos asuntos, a la hora de ejecutarlos no tiene instituciones propias, los aplican las instituciones propias de cada país).
• Escaso Protagonismo Del Parlamento Europeo En La Función Normativa